Hanya 316 orang yang selamat dari bencana tersebut. Mencari kambing hitam atas kelalaian mereka sendiri, pengadilan militer Angkatan Laut AS menghukum Kapten McVay.
Meskipun banyak yang mendukung McVay tidak bersalah, namun McVay tetap mendapat hukuman, dengan tuduhan karena telah membahayakan kapalnya.
Hingga mendapat dukungan dari mantan kapten I-58 IJN kapal selam untuk bersaksi di persidangan, bahwa McVay tidak bersalah.Atas tuduhan yang menimpa McVay, dia pun akhirnya bunuh diri, karena sudah tidak tahan lagi dengan semua tuduhan.
Bahkan, McVay terus diteror melalui panggilan telepon, dan surat dari keluarga korban, serta media surat kabar yang terus menyalahkan dia atas tenggelamnya kapal.
Kemudian pada tahun 2000, Presiden Bill Clinton membebaskan Kapten McVay dari semua tuduhan.
Salah satu anggota kru Indianapolis, Mike D'Antonio telah membeli cincin pertunangan yang akan diberikan kepada wanita yang bernama Clara, sebelum keberangkatannya.